Home|Página Inicial|[[home]]|{{{{:wiki:icons:house.png?40|}}}} Courses|Disciplinas|[[courses]]|{{{{:wiki:icons:presentation.png?40|}}}} ======= BIZ0433 - Inferência Filogenética: Filosofia, Método e Aplicações ======= ====== Sobre a disciplina ====== ----- ===== Objetivo da disciplina ===== Fundamentar as bases teóricas e filosóficas da inferência filogenética. Abordar componentes metodológicos de nível intermediário que permitam ao aluno avaliar de maneira crítica hipóteses filogenéticas. Explorar a utilidade de hipóteses filogenéticas utilizando exemplos que transitam da medicina forense aos vários programas de pesquisa contemporâneos em Biologia Evolutiva. ===== Locais e Horários ===== **//Aulas presenciais às quintas-feiras na Sala 5 do Bloco Didático do IB, das 14:00 as 16:00 //** ===== Equipe 2023 ===== ==== Professor responsável ==== **Dr. Fernando Portella de Luna Marques ** [Depto. de Zoologia] [[mailto:inferencia.filogenetica@ib.usp.br|CONTATO]] ====== Cronograma ====== // // \\ \\ ====== Avaliação do Desempenho ====== A avaliação do desempenho nesta disciplina será feita com base em 6 trabalhos (assignments) e um ensaio final. O ensaio final equivalerá a 40% do conceito/nota final. Os restantes 60% serão computados pela execução dos 6 trabalhos aplicando-se pesos compatíveis com o nível de dificuldade de cada trabalho. O aluno deverá dedicar-se ao ensaio final desta disciplina e a pesquisa sobre possíveis tópicos a serem abordados neste ensaio deve ser feito com antecedência. A redação deste ensaio possui duas etapas:\\ - A primeira etapa está na redação de um resumo de sua proposta (**Assignment 5**). * Consulte o guia para o ensaio final. {{:wiki:clad:aulas:guide_to_authors_2018.pdf|PDF}} * //Data de entrega:// Quinta-feira, dia **18/05/2023** até as 14:00 hrs (antes da Aula 8). * //Formulário de submissão do Assignment 5:// [[https://forms.gle/ShTyu2yywP2euhFi9|submeter]]\\ - Uma vez aprovada sua proposta, você está autorizado a escrever o ensaio. * //Data de entrega:// Quinta-feira, dia **13/07/2023**. * //Formulário de submissão do Ensaio Final:// [[https://forms.gle/BHhaiHR9EJ7sawQ2A|submeter]]\\ ====== Material Didático ====== ---- ==== RECURSOS COMPUTACIONAIS ==== == Uso de máquina Virtual == A opção mais fácil para usuários de WINDOWS a IOSX (MAC) é a instalação da máquina virtual do VMWARE. Esta máquina virtual ocupará 20 Gb de espaço de disco e requer pelo menos 4 Gb de RAM disponível em seu computador. Vaso esse seja o máximo disponível de RAM em seu computador, antes de iniciar a máquina virtual reduza a demanada de RAM nas opçÕes de configuração do VMWARE. Aque está os passos para a instalação da imagem:\\ - Faça o download e instale o [[https://www.vmware.com/products/workstation-player/workstation-player-evaluation.html|VMWare Player]]. - Faça o download da {{ :wiki:clad:app:inferencia_filogenetia_xubuntu_2023.zip|maquina virtual}} ou se preferir execute o comando: wget http://lhe.ib.usp.br/downloads/inferencia_filogenetia_xubuntu_2023.zip - Descompacte a maquina virtual (unzip) - Inicie o VMWare Player e siga as instruções gerais [[https://geek-university.com/vmware-player/move-a-virtual-machine/|deste tutorial]]. - Ao abrir a máquina virtual você deverá obter a tela de inicio do Ubuntu com o usuário Alan Turing. Clique no usuário e digite a senha: turing. == Instalação do Ubuntu 22.04 == Caso o aluno opte por instalar o Ubuntu em sua máquina, recomendo a instalação da versão 18.04 LTS para a qual os tutoriais estão otimizados nesta disciplina.Esses são os passos a serem seguidos: - Baixe a imagem do [[https://releases.ubuntu.com/22.04/|Ubuntu 22.04 LTS]]. - Instalale Ubuntu em seu computador. Lembro que o Ubuntu pode ser instalado com a opção de dual boot, preservando o sistema operacional existente em sua máquina ([[https://opensource.com/article/18/5/dual-boot-linux|mais informações aqui]]). - Após a instalação, entre no Ubuntu e baixe o {{ :wiki:clad:app:install_packages_ubuntu_22.04.zip |script de instalação}}. - Unzip (descompacte) o arquivo install_packages_ubuntu_22.04.zip. - Execute o script **00_install_all.sh** seguindo as últimas duas últimas linhas de comando do protocolo alternativo abaixo. Os passos 3 a 5 podem ser executados em um terminal da seguinte forma: wget http://lhe.ib.usp.br/downloads/install_packages_ubuntu_22.04.zip unzip install_packages_ubuntu_22.04.zip cd install_packages_ubuntu_22.04 chmod 765 00_install_all.sh ./00_install_all.sh **ATENÇÃO:** Durante a execução desse script será necessário inserir a senha de administração do sistema "turing" e responder alguns chamados de instalação. Desta forma acompanhe. Caso haja algum erro, fofografe a tela e remeta um email para a disciplina para que eu possa corrigir eventuais erros. == Outras versões de Linux == Caso o aluno opte por utilizar uma outra versão de Linux, caberá ao aluno adequar o script acima para sua versão de Linux. Adianto que alguns binários (arquivos executáveis) disponíveis no diretório **source** podem não funcionar na versão escolhida pelo aluno. ===== Aulas & Tutoriais ===== Todos os tutorias podem ser baixados do GitHub com o seguinte comando de linha: svn checkout https://github.com/fplmarques/cladistica/trunk/tutorials/ ==== Aula 1 ==== **Tutorial 1**: Introdução ao Linux. {{:wiki:clad:tutorials:01_tutorial_2023.pdf|PDF}}\\ * **//Assignment 1://** Árvores filogenéticas e networks (resenha sobre os artigos de Mindell, 2013 e Morrison, 2014){{:wiki:clad:aulas:01_assignment_trees.pdf|PDF}} * //Data de entrega:// Quinta-feira, dia **30/03/2023** até as 14:00 hrs (antes da Aula 3).\\ * //Formulário de submissão do Assignment 1:// [[https://forms.gle/CCfLx4E7haanbLEk9|submeter]]\\ ==== Aula 2 ==== **Tutorial 2**: Manipulação de texto em Linux. {{:wiki:clad:tutorials:tutorial_02.zip|DOWNLOAD}} \\ \\ * **//Assignment 2://** Resolução do exercício 2.4 (Tutorial 2) - Gerar topologia em FigTree e InkScape.\\ * //Data de entrega:// Segunda-feira, dia **27/03/2023**.\\ * //Formulário de submissão do Assignment 2:// [[https://forms.gle/fKWovN8L5WPadowWA|submeter]]\\ ==== Aula 3 ==== **Aula teórica**: Topologias: grafos, enumeração e espaço. {{:wiki:clad:aulas:aula_3_2018.pdf|PDF}}\\ **Tutorial 3**: Topologias: grafos, enumeração e espaço. {{:wiki:clad:tutorials:tutorial_03.zip|DOWNLOAD}} \\ * **//Assignment 3://** Matrizes de dados, séries de trasformação e homologia (leitura obrigatória: Grant & Kluge, 2004; Nixon & Carpenter, 2012 e Sereno, 2007).{{:wiki:clad:aulas:03_assignment_instrucoes.pdf| PDF}}\\ * //Data de entrega:// Quinta-feira, dia **20/04/2023** até as 14:00 hrs (antes da Aula 4).\\ * //Formulário de submissão do Assignment 3:// [[https://forms.gle/2G35wuoQdaSMXPCM6|submeter]]\\ ==== Aula 4 ==== **Aula teórica**: Introdução ao TNT. {{wiki:clad:aulas:aula_4_2018.pdf|PDF}} **Tutorial 4:** Introdução ao TNT. {{:wiki:clad:tutorials:tutorial_04.zip|DOWNLOAD}} \\ * **//Assignment 4://** Buscas por tragetória.{{:wiki:clad:aulas:04_assignment_instrucoes.pdf| PDF}}\\ * //Arquivos associados:// Esse diretório é necessário para a execução deste assignment - {{:wiki:clad:aulas:04_trajectory_search.zip| PDF}}\\ * //Data de entrega:// Quinta-feira, dia **27/04/2023** até as 14:00 hrs (antes da Aula 5).\\ * //Formulário de submissão do Assignment 4:// [[https://forms.gle/uTuGQgBZF4Su4zgc6|submeter]]\\ ==== Aula 5 ==== **Tutorial 5**: TNT - Buscas avançadas. {{:wiki:clad:tutorials:tutorial_05.zip|DOWNLOAD}} ==== Aula 6 ==== **Tutorial 6**: TNT - Tipos de caracteres e topologias de consenso. {{:wiki:clad:tutorials:tutorial_06.zip|DOWNLOAD}} ==== Aula 7 ==== **Tutorial 7**: Dados moleculares - introdução. {{:wiki:clad:tutorials:tutorial_07.zip|DOWNLOAD}} \\ ==== Aula 8 ==== **Tutorial 8**: Dados moleculares - alinhamento. {{:wiki:clad:tutorials:tutorial_08.zip|DOWNLOAD}} ==== Aula 9 ==== **Tutorial 9**: Homologia Dinâmica. {{:wiki:clad:tutorials:tutorial_09.zip|DOWNLOAD}} ==== Aula 10 ==== **Tutorial 10**: Homologia Dinâmica: sensibilidade, comprimento de ramos e alinhamento implícito. {{:wiki:clad:tutorials:tutorial_10.zip|DOWNLOAD}} ==== Aula 11 ==== **Tutorial 11**: Homologia Dinâmica: Iterative pass, sensitivity search e dados reais. {{:wiki:clad:tutorials:tutorial_11.zip|DOWNLOAD}} * **//Assignment 6://** Reanálise filogenética utilizando Otimização Direta.\\ * //Data de entrega:// Quinta-feira, dia **06/07/2023** até as 14:00 hrs (antes da Aula 14).\\ * //Formulário de submissão do Assignment 6:// [[https://forms.gle/SF3ncfJUkj13ZQBt9|submeter]]\\ ==== Aula 12 ==== **Tutorial 12**: Introdução à Verossimilhança. {{:wiki:clad:tutorials:tutorial_12.zip|DOWNLOAD}} ==== Aula 13 ==== **Tutorial 13**: Verossimilhança sob homologia estática e dinâmica. {{:wiki:clad:tutorials:tutorial_13.zip|DOWNLOAD}} \\ ** Leitura para a próxima aula:** Grant, T & A. Kluge. 2008. Clade support and their adequacy. Cladistics 24: 1051–1064. {{:wiki:clad:literature:grant_and_kluge_2008b.pdf|pdf}} ==== Aula 14 ==== **Turorial 14**: Índices de Suporte. {{:wiki:clad:tutorials:tutorial_14.zip|DOWNLOAD}} ===== Literatura Recomendada ===== Agnarsson, I. & J. A. Miller. 2008. Is ACCTRAN better than DELTRAN? Cladistics 24: 1–7. {{:wiki:clad:literature:agnarsson2008.pdf|PDF}}\\ Berlund, D. 2011. Visualization of phylogenetic tree space. Bachelor’s thesis in Mathematical Statistics, Stockholm Universitet, Stockholm, Sweeden. Stockholm, Sweeden. {{:wiki:clad:literature:berglund_2011.pdf|PDF}}\\ Bogdanowicz, D. & K. Giaro. 2013. On a matching distance between rooted phylogenetic trees. International Journal of Applied Mathematics and Computer Science 23: 669–684. {{:wiki:clad:literature:bogdanowicz_and_giaro_2013.pdf|PDF}}\\ Cobbaut, P. 2013. Linux Fundamentals. Belgium: Netsec BVBA. 920 pp.{{:wiki:clad:literature:cobbaut_2013.pdf|PDF}}\\ Coddington, J & N Scharff. 1994. Problems with zero-length branches. Cladistics 10: 415–423. {{:wiki:clad:literature:coddington_and_scharff_1994.pdf|PDF}}\\ Dias, P. H. S.; R. C. Amaro; A. M. P. T. de Carvalho-e Silva & M. T. Rodrigues. 2013. Two new species of //Proceratophrys// Miranda-Ribeiro, 1920 (Anura; Odontophrynidae) from the Atlantic forest, with taxonomic remarks on the genus. Zootaxa 3682: 277–304.{{:wiki:clad:literature:dias_et_al_2013.pdf|PDF}} Farris, S. 1970. Methods for computing Wagner trees. Systematic Zoology 19: 83–92. {{:wiki:clad:literature:farris_1970.pdf|PDF}}\\ Giribet, G. 2007. Efficient tree searches with Available Algorithms. Evolutionary Bioinformatics 3: 341–356. {{:wiki:clad:literature:giribet_2007.pdf|PDF}}\\ Goloboff, P. 1999. Analyzing large data sets in reasonable times: solutions for composite optima. Cladistics 15: 415–428. {{:wiki:clad:literature:goloboff_1999.pdf|PDF}}\\ Goloboff, P.; J. S. Farris & K. Nixon. 2008. TNT a free program for phylogenetic analysis. Cladistics 24: 1–14. {{:wiki:clad:literature:goloboff_et_al_2008.pdf|PDF}}\\ Grant, T & A. Kluge. 2004. Transformation series as an ideographic character concept. Cladistics 20: 23–31. {{:wiki:clad:literature:grant_and_kluge_2004.pdf|pdf}}\\ Grant, T & A. Kluge. 2008. Clade support and their adequacy. Cladistics 24: 1051–1064. {{:wiki:clad:literature:grant_and_kluge_2008b.pdf|pdf}} de Pinna, M.G.G. 1991. Concepts and tests of homology in the cladistic paradigm. Cladistics, 7: 367-394. {{:wiki:clad:literature:de_pinna_1991.pdf|pdf}}\\ Mindell, D.P. 2013. The tree of life: metaphor, model, and heuristic device. Systematic Biology 62(3):479–489.{{:wiki:clad:literature:mindell_2013.pdf|PDF}} Morrison, D.A. 2014. Is the tree of life the best metaphor, model, or heuristic for phylogenetics? Systematic Biology 63(4):628–638.{{:wiki:clad:literature:morrison_2014.pdf|PDF}} Nixon, K. C. 1999. The parsimony ratchet, a new method for rapid parsimony analysis. Cladistics 15: 407–414. {{:wiki:clad:literature:nixon_1999.pdf|PDF}}\\ Nixon, K.C. & J.M. Carpenter. 2012. On homology. Cladistics 28: 160–169. {{:wiki:clad:literature:nixon_and_carpenter_2012.pdf|pdf}}\\ Phillips, A. D., Janies & W. Wheeler. 2000. Multiple Sequence Alignment in Phylogenetic Analysis. Mol. Phyl. and Evol., 16(3): 317–330. {{:wiki:clad:literature:phillips_2000.pdf|pdf}}\\ Robinson, D. F. & L. R. Foulds. 1981. Comparison of phylogenetic trees. Mathematical Biociences 53: 131–147. {{:wiki:clad:literature:robinson_and_foulds_1981.pdf|PDF}}\\ Sereno, P.C. 2007. Logical basis for morphological characters in phylogenetics. Cladistics 23: 565–587.{{:wiki:clad:literature:sereno_2007.pdf|PDF}}\\ Siever E.; Figgsins, S. L. R. & A. Robbins. 2009. Linux in a nutshell, 6th edition. Cambridge: O’Reilly. 920 pp. {{:wiki:clad:literature:slever_et_al_2009.pdf|PDF}}\\ Swofford, D. L. & W. P. Maddison. 1987. Reconstructing ancestral character states under Wagner parsimony. Mathematical Bioscience 87: 199–229. {{:wiki:clad:literature:swofford_and_maddison_1987.pdf|PDF}}\\ Wagner, W. H. 1961. Problems in the classification of ferns. Recent Advances in Botany 1: 841–844. {{:wiki:clad:literature:wagner_1961.pdf|PDF}}\\ ====== Licenciamento do Material didático ====== -----
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