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BIZ0433 - Inferência Filogenética: Filosofia, Método e Aplicações

Sobre a disciplina


Objetivo da disciplina

Fundamentar as bases teóricas e filosóficas da inferência filogenética. Abordar componentes metodológicos de nível intermediário que permitam ao aluno avaliar de maneira crítica hipóteses filogenéticas. Explorar a utilidade de hipóteses filogenéticas utilizando exemplos que transitam da medicina forense aos vários programas de pesquisa contemporâneos em Biologia Evolutiva.

Locais e Horários

Aulas Teóricas & Práticas: Sala de anatomia do Bloco Didático (IB/USP)

Aulas às quintas-feiras, das 14:00 as 16:00

Equipe 2019

Professor responsável

Dr. Fernando Portella de Luna Marques [Depto. de Zoologia] CONTATO

Cronograma



Avaliação do Desempenho

A avaliação do desempenho nesta disciplina será feita com base em 6 trabalhos (assignments) e um ensaio final. O ensaio final equivalerá a 40% do conceito/nota final. Os restantes 60% serão computados pela execução dos 6 trabalhos aplicando-se pesos compatíveis com o nível de dificuldade de cada trabalho.

O aluno deverá dedicar-se ao ensaio final desta disciplina e a pesquisa sobre possíveis tópicos a serem abordados neste ensaio deve ser feito com antecedência. A redação deste ensaio possui duas etapas:

- Bla boa

  • ble ble.
  • Bli bli

Material Didático


Recursos Computacionais


Todos os aplicativos selecionados para este curso serão executados no sistema operacional Linux (MAC incluído). Os tutoriais serão efetuados nas aulas práticas e computadores estarão disponíveis aos alunos. No entanto, sugiro que tenham um computador pessoal, em casa ou durante as aulas, configurado para a execução dos exercícios. Somente o tempo alocado aos tutorias em sala de aula não será suficiente para você se tornar proficiente em todo o material apresentado durante o curso. Adicionalmente, você poderá precisar de mais tempo para completar os tutoriais ou usar os aplicativos para desenvolver as tarefas da disciplina.

Aulas & Tutoriais

Aula 1

Tutorial 1: Introdução ao Linux. PDF

* Assignment 1: Árvores filogenéticas e networks (resenha sobre os artigos de Mindell, 2013 e Morrison, 2014)PDF

  • Data de entrega: Quinta-feira, dia 14/03/2019 até as 14:00 hrs (antes da Aula 3).
  • Formulário de submissão do Assignment 1: submeter

Aula 2

Tutorial 2: Manipulação de texto em Linux. DOWNLOAD

* Assignment 2: Resolução do exercício 2.4 (Tutorial 2) - Gerar topologia em FigTree e InkScape.

  • Data de entrega: Segunda-feira, dia 11/03/2019.
  • Formulário de submissão do Assignment 2: submeter

Aula 3

Aula teórica: Topologias: grafos, enumeração e espaço. PDF

Tutorial 3: Topologias: grafos, enumeração e espaço. DOWNLOAD

* Assignment 3: Matrizes de dados, séries de trasformação e homologia (leitura obrigatória: Grant & Kluge, 2004; Nixon & Carpenter, 2012 e Sereno, 2007). PDF

  • Data de entrega: Quinta-feira, dia 21/03/2019 até as 14:00 hrs (antes da Aula 4).
  • Formulário de submissão do Assignment 3: submeter

Aula 4

Aula teórica: Introdução ao TNT. PDF

Tutorial 4: Introdução ao TNT. DOWNLOAD

* Assignment 4: Buscas por tragetória. PDF

  • Arquivos associados: Esse diretório é necessário para a execução deste assignment - PDF
  • Data de entrega: Quinta-feira, dia 28/03/2019 até as 14:00 hrs (antes da Aula 5).
  • Formulário de submissão do Assignment 4: submeter

Aula 5

Tutorial 5: TNT - Buscas avançadas. DOWNLOAD

Aula 6

Tutorial 6: TNT - Tipos de caracteres e topologias de consenso. DOWNLOAD

Aula 7

Tutorial 7: Dados moleculares - introdução. DOWNLOAD

Aula 8

Tutorial 8: Dados moleculares - alinhamento. DOWNLOAD

Aula 9

Tutorial 9: Homologia Dinâmica. DOWNLOAD

Aula 10

Tutorial 10: Homologia Dinâmica: sensibilidade, comprimento de ramos e alinhamento implícito. DOWNLOAD

Aula 11

Tutorial 11: Homologia Dinâmica: Iterative pass, sensitivity search e dados reais. DOWNLOAD

* Assignment 6: Reanálise filogenética utilizando Otimização Direta.

  • Data de entrega: Quinta-feira, dia 07/06/2019 até as 14:00 hrs (antes da Aula 13).
  • Formulário de submissão do Assignment 6: submeter

Aula 12

Tutorial 12: Introdução à Verossimilhança. DOWNLOAD

Aula 13

Tutorial 13: Verossimilhança sob homologia estática e dinâmica. DOWNLOAD

Leitura para a próxima aula:

Grant, T & A. Kluge. 2008. Clade support and their adequacy. Cladistics 24: 1051–1064. pdf

Aula 14

Turorial 14: Índices de Suporte. DOWNLOAD

Literatura Recomendada

Agnarsson, I. & J. A. Miller. 2008. Is ACCTRAN better than DELTRAN? Cladistics 24: 1–7. PDF

Berlund, D. 2011. Visualization of phylogenetic tree space. Bachelor’s thesis in Mathematical Statistics, Stockholm Universitet, Stockholm, Sweeden. Stockholm, Sweeden. PDF

Bogdanowicz, D. & K. Giaro. 2013. On a matching distance between rooted phylogenetic trees. International Journal of Applied Mathematics and Computer Science 23: 669–684. PDF

Cobbaut, P. 2013. Linux Fundamentals. Belgium: Netsec BVBA. 920 pp.PDF

Coddington, J & N Scharff. 1994. Problems with zero-length branches. Cladistics 10: 415–423. PDF

Dias, P. H. S.; R. C. Amaro; A. M. P. T. de Carvalho-e Silva & M. T. Rodrigues. 2013. Two new species of Proceratophrys Miranda-Ribeiro, 1920 (Anura; Odontophrynidae) from the Atlantic forest, with taxonomic remarks on the genus. Zootaxa 3682: 277–304.PDF

Farris, S. 1970. Methods for computing Wagner trees. Systematic Zoology 19: 83–92. PDF

Giribet, G. 2007. Efficient tree searches with Available Algorithms. Evolutionary Bioinformatics 3: 341–356. PDF

Goloboff, P. 1999. Analyzing large data sets in reasonable times: solutions for composite optima. Cladistics 15: 415–428. PDF

Goloboff, P.; J. S. Farris & K. Nixon. 2008. TNT a free program for phylogenetic analysis. Cladistics 24: 1–14. PDF

Grant, T & A. Kluge. 2004. Transformation series as an ideographic character concept. Cladistics 20: 23–31. pdf

Grant, T & A. Kluge. 2008. Clade support and their adequacy. Cladistics 24: 1051–1064. pdf

de Pinna, M.G.G. 1991. Concepts and tests of homology in the cladistic paradigm. Cladistics, 7: 367-394. pdf

Mindell, D.P. 2013. The tree of life: metaphor, model, and heuristic device. Systematic Biology 62(3):479–489.PDF

Morrison, D.A. 2014. Is the tree of life the best metaphor, model, or heuristic for phylogenetics? Systematic Biology 63(4):628–638.PDF

Nixon, K. C. 1999. The parsimony ratchet, a new method for rapid parsimony analysis. Cladistics 15: 407–414. PDF

Nixon, K.C. & J.M. Carpenter. 2012. On homology. Cladistics 28: 160–169. pdf

Robinson, D. F. & L. R. Foulds. 1981. Comparison of phylogenetic trees. Mathematical Biociences 53: 131–147. PDF

Sereno, P.C. 2007. Logical basis for morphological characters in phylogenetics. Cladistics 23: 565–587.PDF

Siever E.; Figgsins, S. L. R. & A. Robbins. 2009. Linux in a nutshell, 6th edition. Cambridge: O’Reilly. 920 pp. PDF

Swofford, D. L. & W. P. Maddison. 1987. Reconstructing ancestral character states under Wagner parsimony. Mathematical Bioscience 87: 199–229. PDF

Wagner, W. H. 1961. Problems in the classification of ferns. Recent Advances in Botany 1: 841–844. PDF

Licenciamento do Material didático


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