This is an old revision of the document!
Fundamentar as bases teóricas e filosóficas da inferência filogenética. Abordar componentes metodológicos de nível intermediário que permitam ao aluno avaliar de maneira crítica hipóteses filogenéticas. Explorar a utilidade de hipóteses filogenéticas utilizando exemplos que transitam da medicina forense aos vários programas de pesquisa contemporâneos em Biologia Evolutiva.
Aulas Teóricas & Práticas: Sala de anatomia do Bloco Didático (IB/USP)
Aulas às quintas-feiras, das 14:00 as 16:00
Dr. Fernando Portella de Luna Marques [Depto. de Zoologia] CONTATO
A avaliação do desempenho nesta disciplina será feita com base em 6 trabalhos (assignments) e um ensaio final. O ensaio final equivalerá a 40% do conceito/nota final. Os restantes 60% serão computados pela execução dos 6 trabalhos aplicando-se pesos compatíveis com o nível de dificuldade de cada trabalho.
O aluno deverá dedicar-se ao ensaio final desta disciplina e a pesquisa sobre possíveis tópicos a serem abordados neste ensaio deve ser feito com antecedência. A redação deste ensaio possui duas etapas:
- Bla boa
Todos os aplicativos selecionados para este curso serão executados no sistema operacional Linux (MAC incluído). Os tutoriais serão efetuados nas aulas práticas e computadores estarão disponíveis aos alunos. No entanto, sugiro que tenham um computador pessoal, em casa ou durante as aulas, configurado para a execução dos exercícios. Somente o tempo alocado aos tutorias em sala de aula não será suficiente para você se tornar proficiente em todo o material apresentado durante o curso. Adicionalmente, você poderá precisar de mais tempo para completar os tutoriais ou usar os aplicativos para desenvolver as tarefas da disciplina.
Tutorial 1: Introdução ao Linux. PDF
* Assignment 1: Árvores filogenéticas e networks (resenha sobre os artigos de Mindell, 2013 e Morrison, 2014)PDF
Tutorial 2: Manipulação de texto em Linux. DOWNLOAD
* Assignment 2: Resolução do exercício 2.4 (Tutorial 2) - Gerar topologia em FigTree e InkScape.
Aula teórica: Topologias: grafos, enumeração e espaço. PDF
Tutorial 3: Topologias: grafos, enumeração e espaço. DOWNLOAD
* Assignment 3: Matrizes de dados, séries de trasformação e homologia (leitura obrigatória: Grant & Kluge, 2004; Nixon & Carpenter, 2012 e Sereno, 2007). PDF
Aula teórica: Introdução ao TNT. PDF
Tutorial 4: Introdução ao TNT. DOWNLOAD
* Assignment 4: Buscas por tragetória. PDF
Tutorial 5: TNT - Buscas avançadas. DOWNLOAD
Tutorial 6: TNT - Tipos de caracteres e topologias de consenso. DOWNLOAD
Tutorial 7: Dados moleculares - introdução. DOWNLOAD
Tutorial 8: Dados moleculares - alinhamento. DOWNLOAD
Tutorial 9: Homologia Dinâmica. DOWNLOAD
Tutorial 10: Homologia Dinâmica: sensibilidade, comprimento de ramos e alinhamento implícito. DOWNLOAD
Tutorial 11: Homologia Dinâmica: Iterative pass, sensitivity search e dados reais. DOWNLOAD
* Assignment 6: Reanálise filogenética utilizando Otimização Direta.
Tutorial 12: Introdução à Verossimilhança. DOWNLOAD
Tutorial 13: Verossimilhança sob homologia estática e dinâmica. DOWNLOAD
Leitura para a próxima aula:
Grant, T & A. Kluge. 2008. Clade support and their adequacy. Cladistics 24: 1051–1064. pdf
Turorial 14: Índices de Suporte. DOWNLOAD
Agnarsson, I. & J. A. Miller. 2008. Is ACCTRAN better than DELTRAN? Cladistics 24: 1–7. PDF
Berlund, D. 2011. Visualization of phylogenetic tree space. Bachelor’s thesis in Mathematical
Statistics, Stockholm Universitet, Stockholm, Sweeden. Stockholm, Sweeden. PDF
Bogdanowicz, D. & K. Giaro. 2013. On a matching distance between rooted phylogenetic trees.
International Journal of Applied Mathematics and Computer Science 23: 669–684. PDF
Cobbaut, P. 2013. Linux Fundamentals. Belgium: Netsec BVBA. 920 pp.PDF
Coddington, J & N Scharff. 1994. Problems with zero-length branches. Cladistics 10: 415–423. PDF
Dias, P. H. S.; R. C. Amaro; A. M. P. T. de Carvalho-e Silva & M. T. Rodrigues. 2013. Two new species of Proceratophrys Miranda-Ribeiro, 1920 (Anura; Odontophrynidae) from the Atlantic forest, with taxonomic remarks on the genus. Zootaxa 3682: 277–304.PDF
Farris, S. 1970. Methods for computing Wagner trees. Systematic Zoology 19: 83–92. PDF
Giribet, G. 2007. Efficient tree searches with Available Algorithms. Evolutionary Bioinformatics 3:
341–356. PDF
Goloboff, P. 1999. Analyzing large data sets in reasonable times: solutions for composite optima.
Cladistics 15: 415–428. PDF
Goloboff, P.; J. S. Farris & K. Nixon. 2008. TNT a free program for phylogenetic analysis. Cladistics
24: 1–14. PDF
Grant, T & A. Kluge. 2004. Transformation series as an ideographic character concept. Cladistics 20: 23–31. pdf
Grant, T & A. Kluge. 2008. Clade support and their adequacy. Cladistics 24: 1051–1064. pdf
de Pinna, M.G.G. 1991. Concepts and tests of homology in the cladistic paradigm. Cladistics, 7: 367-394. pdf
Mindell, D.P. 2013. The tree of life: metaphor, model, and heuristic device. Systematic Biology 62(3):479–489.PDF
Morrison, D.A. 2014. Is the tree of life the best metaphor, model, or heuristic for phylogenetics? Systematic Biology 63(4):628–638.PDF
Nixon, K. C. 1999. The parsimony ratchet, a new method for rapid parsimony analysis. Cladistics 15:
407–414. PDF
Nixon, K.C. & J.M. Carpenter. 2012. On homology. Cladistics 28: 160–169. pdf
Robinson, D. F. & L. R. Foulds. 1981. Comparison of phylogenetic trees. Mathematical Biociences
53: 131–147. PDF
Sereno, P.C. 2007. Logical basis for morphological characters in phylogenetics. Cladistics 23: 565–587.PDF
Siever E.; Figgsins, S. L. R. & A. Robbins. 2009. Linux in a nutshell, 6th edition. Cambridge:
O’Reilly. 920 pp. PDF
Swofford, D. L. & W. P. Maddison. 1987. Reconstructing ancestral character states under Wagner
parsimony. Mathematical Bioscience 87: 199–229. PDF
Wagner, W. H. 1961. Problems in the classification of ferns. Recent Advances in Botany 1: 841–844. PDF