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cladistica [2019/02/20 17:33]
fplmarques [Avaliação do Desempenho]
cladistica [2023/01/26 20:37] (current)
fplmarques [Aula 1]
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 ===== Locais e Horários ===== ===== Locais e Horários =====
 +**//Aulas presenciais às quintas-feiras na Sala 5 do Bloco Didático do IB, das 14:00 as 16:00 //**
  
-**Aulas Teóricas & Práticas:​** Sala de anatomia do Bloco Didático (IB/USP) +===== Equipe ​2023 =====
- +
-**//Aulas às quintas-feiras,​ das 14:00 as 16:00 //** +
- +
-===== Equipe ​2019 =====+
  
 ==== Professor responsável ==== ==== Professor responsável ====
  
 **Dr. Fernando Portella de Luna Marques ** [Depto. de Zoologia] [[mailto:​inferencia.filogenetica@ib.usp.br|CONTATO]] **Dr. Fernando Portella de Luna Marques ** [Depto. de Zoologia] [[mailto:​inferencia.filogenetica@ib.usp.br|CONTATO]]
 +
 +
  
 ====== Cronograma ====== ====== Cronograma ======
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 O aluno deverá dedicar-se ao ensaio final desta disciplina e a pesquisa sobre possíveis tópicos a serem abordados neste ensaio deve ser feito com antecedência. A redação deste ensaio possui duas etapas:\\ O aluno deverá dedicar-se ao ensaio final desta disciplina e a pesquisa sobre possíveis tópicos a serem abordados neste ensaio deve ser feito com antecedência. A redação deste ensaio possui duas etapas:\\
  
-  - A primeira etapa está na redação de um resumo de sua proposta+  - A primeira etapa está na redação de um resumo de sua proposta ​(**Assignment 5**).
     * Consulte o guia para o ensaio final. {{:​wiki:​clad:​aulas:​guide_to_authors_2018.pdf|PDF}}     * Consulte o guia para o ensaio final. {{:​wiki:​clad:​aulas:​guide_to_authors_2018.pdf|PDF}}
-    * //Data de entrega:// Quinta-feira,​ dia **25/04/2019** até as 14:00 hrs (antes da Aula 8). +    * //Data de entrega:// Quinta-feira,​ dia **18/05/2023** até as 14:00 hrs (antes da Aula 8). 
-    * //​Formulário de submissão do Assignment 5:// [[https://goo.gl/forms/E66rOfGMUVvs1oNG3|submeter]]\\+    * //​Formulário de submissão do Assignment 5:// [[https://forms.gle/ShTyu2yywP2euhFi9|submeter]]\\
   - Uma vez aprovada sua proposta, você está autorizado a escrever o ensaio.   - Uma vez aprovada sua proposta, você está autorizado a escrever o ensaio.
-    * //Data de entrega:// Quinta-feira,​ dia 27/06/2019+    * //Data de entrega:// Quinta-feira,​ dia **13/07/2023**
-    * //​Formulário de submissão do Ensaio Final:// [[https://goo.gl/forms/J5ma4arnk87wdf0f2|submeter]]\\+    * //​Formulário de submissão do Ensaio Final:// [[https://forms.gle/BHhaiHR9EJ7sawQ2A|submeter]]\\
  
  
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 ---- ----
  
-===== Recursos Computacionais ​===== + 
-\\ +==== RECURSOS COMPUTACIONAIS ​==== 
-Todos os aplicativos selecionados ​para este curso serão executados no sistema operacional Linux (MAC incluído). Os tutoriais serão efetuados nas aulas práticas ​computadores estarão disponíveis aos alunosNo entanto, sugiro que tenham um computador ​pessoalem casa ou durante as aulas, configurado ​para a execução dos exercíciosSomente ​tempo alocado aos tutorias em sala de aula não será suficiente para você se tornar proficiente em todo material apresentado durante ​cursoAdicionalmente, ​você poderá precisar ​de mais tempo para completar ​os tutoriais ​ou usar os aplicativos para desenvolver ​as tarefas ​da disciplina. +== Uso de máquina Virtual ​==  
-\\+A opção mais fácil ​para usuários de WINDOWS a IOSX (MAC) é a instalação da máquina virtual do VMWAREEsta máquina virtual ocupará 20 Gb de espaço de disco requer pelo menos 4 Gb de RAM disponível em seu computadorVaso esse seja o máximo disponível de RAM em seu computador, ​antes de iniciar a máquina virtual reduza a demanada de RAM nas opçÕes de configuração do VMWARE. Aque está os passos ​para a instalação da imagem:\\ 
 + 
 + - Faça o download e instale o [[https://​www.vmware.com/​products/​workstation-player/​workstation-player-evaluation.html|VMWare Player]]. 
 + - Faça download da {{ :​wiki:​clad:​app:​inferencia_filogenetia_xubuntu_2023.zip|maquina virtual}} ou se preferir execute ​comando: 
 +<​code>​ 
 +   wget http://​lhe.ib.usp.br/​downloads/​inferencia_filogenetia_xubuntu_2023.zip 
 +</​code>​ 
 + - Descompacte a maquina virtual (unzip) 
 + - Inicie ​VMWare Player e siga as instruções gerais [[https://​geek-university.com/​vmware-player/​move-a-virtual-machine/​|deste tutorial]]. 
 + - Ao abrir a máquina virtual ​você deverá obter a tela de inicio do Ubuntu com o usuário Alan Turing. Clique no usuário e digite a senha: turing. 
 + 
 +== Instalação do Ubuntu 22.04 ==  
 + 
 +Caso o aluno opte por instalar o Ubuntu em sua máquina, recomendo a instalação da versão 18.04 LTS para a qual os tutoriais ​estão otimizados nesta disciplina.Esses são os passos a serem seguidos: 
 + 
 + - Baixe a imagem do [[https://​releases.ubuntu.com/​22.04/​|Ubuntu 22.04 LTS]]. 
 + - Instalale Ubuntu em seu computador. Lembro que o Ubuntu pode ser instalado com a opção de dual boot, preservando o sistema operacional existente em sua máquina ([[https://​opensource.com/​article/​18/​5/​dual-boot-linux|mais informações aqui]]). 
 + - Após a instalação,​ entre no Ubuntu e baixe o {{ :​wiki:​clad:​app:​install_packages_ubuntu_22.04.zip |script de instalação}}. 
 + - Unzip (descompacte) o arquivo install_packages_ubuntu_22.04.zip. 
 + - Execute o script **00_install_all.sh** seguindo ​as últimas duas últimas linhas de comando do protocolo alternativo abaixo. 
 + 
 +Os passos 3 a 5 podem ser executados em um terminal ​da seguinte forma: 
 + 
 +<​code>​ wget http://​lhe.ib.usp.br/​downloads/​install_packages_ubuntu_22.04.zip 
 + 
 + unzip install_packages_ubuntu_22.04.zip 
 + 
 + cd install_packages_ubuntu_22.04 
 + 
 + chmod 765 00_install_all.sh 
 + 
 + ​./​00_install_all.sh 
 +</​code>​ 
 + 
 +**ATENÇÃO:​** Durante a execução desse script será necessário inserir a senha de administração do sistema "​turing"​ e responder alguns chamados de instalação. Desta forma acompanhe. Caso haja algum erro, fofografe a tela e remeta um email para a disciplina ​para que eu possa corrigir eventuais erros
 + 
 +== Outras versões de Linux ==  
 + 
 +Caso o aluno opte por utilizar uma outra versão de Linux, caberá ao aluno adequar o script acima para sua versão de Linux. Adianto que alguns binários (arquivos executáveis) disponíveis no diretório **source** podem não funcionar na versão escolhida pelo aluno.  
 + 
 + 
 ===== Aulas & Tutoriais ===== ===== Aulas & Tutoriais =====
 +
 +Todos os tutorias podem ser baixados do GitHub com o seguinte comando de linha:
 +
 +<​code>​
 +   svn checkout https://​github.com/​fplmarques/​cladistica/​trunk/​tutorials/​
 +</​code>​
 ==== Aula 1 ==== ==== Aula 1 ====
  
-**Tutorial 1**: Introdução ao Linux. {{:​wiki:​clad:​tutorials:​01_tutorial_2019.pdf|PDF}}\\+**Tutorial 1**: Introdução ao Linux. {{:​wiki:​clad:​tutorials:​01_tutorial_2023.pdf|PDF}}\\
  
  * **//​Assignment 1://** Árvores filogenéticas e networks (resenha sobre os artigos de Mindell, 2013 e Morrison, 2014){{:​wiki:​clad:​aulas:​01_assignment_trees.pdf|PDF}}  * **//​Assignment 1://** Árvores filogenéticas e networks (resenha sobre os artigos de Mindell, 2013 e Morrison, 2014){{:​wiki:​clad:​aulas:​01_assignment_trees.pdf|PDF}}
-  * //Data de entrega:// Quinta-feira, ​ dia **14/03/2019** até as 14:00 hrs (antes da Aula 3).\\ +  * //Data de entrega:// Quinta-feira, ​ dia **30/03/2023** até as 14:00 hrs (antes da Aula 3).\\ 
-  * //​Formulário de submissão do Assignment 1:// [[https://goo.gl/forms/Lhbcr6TbMdt8sK1E2|submeter]]\\+  * //​Formulário de submissão do Assignment 1:// [[https://forms.gle/CCfLx4E7haanbLEk9|submeter]]\\
  
 ==== Aula 2 ==== ==== Aula 2 ====
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 \\ \\
  * **//​Assignment 2://** Resolução do exercício 2.4 (Tutorial 2) - Gerar topologia em FigTree e InkScape.\\  * **//​Assignment 2://** Resolução do exercício 2.4 (Tutorial 2) - Gerar topologia em FigTree e InkScape.\\
-  * //Data de entrega:// Segunda-feira,​ dia **11/03/2019**.\\ +  * //Data de entrega:// Segunda-feira,​ dia **27/03/2023**.\\ 
-  * //​Formulário de submissão do Assignment 2:// [[https://goo.gl/forms/6H68Z1b09nCo0yPu2|submeter]]\\+  * //​Formulário de submissão do Assignment 2:// [[https://forms.gle/fKWovN8L5WPadowWA|submeter]]\\
  
 ==== Aula 3 ==== ==== Aula 3 ====
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  * **//​Assignment 3://** Matrizes de dados, séries de trasformação e homologia (leitura obrigatória:​ Grant & Kluge, 2004; Nixon & Carpenter, 2012 e Sereno, 2007).{{:​wiki:​clad:​aulas:​03_assignment_instrucoes.pdf| PDF}}\\  * **//​Assignment 3://** Matrizes de dados, séries de trasformação e homologia (leitura obrigatória:​ Grant & Kluge, 2004; Nixon & Carpenter, 2012 e Sereno, 2007).{{:​wiki:​clad:​aulas:​03_assignment_instrucoes.pdf| PDF}}\\
-  * //Data de entrega:// Quinta-feira,​ dia **21/03/2019** até as 14:00 hrs (antes da Aula 4).\\ +  * //Data de entrega:// Quinta-feira,​ dia **20/04/2023** até as 14:00 hrs (antes da Aula 4).\\ 
-  * //​Formulário de submissão do Assignment 3:// [[https://goo.gl/forms/KFtDjrb8ujZFr7lN2|submeter]]\\+  * //​Formulário de submissão do Assignment 3:// [[https://forms.gle/2G35wuoQdaSMXPCM6|submeter]]\\
  
 ==== Aula 4 ====  ==== Aula 4 ==== 
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   * //Arquivos associados://​ Esse diretório é necessário para a execução deste assignment - {{:​wiki:​clad:​aulas:​04_trajectory_search.zip| PDF}}\\   * //Arquivos associados://​ Esse diretório é necessário para a execução deste assignment - {{:​wiki:​clad:​aulas:​04_trajectory_search.zip| PDF}}\\
-  * //Data de entrega:// Quinta-feira,​ dia **28/03/2019** até as 14:00 hrs (antes da Aula 5).\\ +  * //Data de entrega:// Quinta-feira,​ dia **27/04/2023** até as 14:00 hrs (antes da Aula 5).\\ 
-  * //​Formulário de submissão do Assignment 4:// [[https://goo.gl/forms/Q7xsVCcZNGL7QYhg1|submeter]]\\+  * //​Formulário de submissão do Assignment 4:// [[https://forms.gle/uTuGQgBZF4Su4zgc6|submeter]]\\
  
 ==== Aula 5 ==== ==== Aula 5 ====
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  * **//​Assignment 6://** Reanálise filogenética utilizando Otimização Direta.\\  * **//​Assignment 6://** Reanálise filogenética utilizando Otimização Direta.\\
-  * //Data de entrega:// Quinta-feira,​ dia **07/06/2019** até as 14:00 hrs (antes da Aula 13).\\ +  * //Data de entrega:// Quinta-feira,​ dia **06/07/2023** até as 14:00 hrs (antes da Aula 14).\\ 
-  * //​Formulário de submissão do Assignment 6:// [[https://goo.gl/forms/xG6E1HodQg7mTrtT2|submeter]]\\+  * //​Formulário de submissão do Assignment 6:// [[https://forms.gle/SF3ncfJUkj13ZQBt9|submeter]]\\
  
 ==== Aula 12 ==== ==== Aula 12 ====
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 Nixon, K.C. & J.M. Carpenter. 2012. On homology. Cladistics 28: 160–169. {{:​wiki:​clad:​literature:​nixon_and_carpenter_2012.pdf|pdf}}\\ Nixon, K.C. & J.M. Carpenter. 2012. On homology. Cladistics 28: 160–169. {{:​wiki:​clad:​literature:​nixon_and_carpenter_2012.pdf|pdf}}\\
 +
 +Phillips, A. D., Janies & W. Wheeler. 2000. Multiple Sequence Alignment in Phylogenetic Analysis. Mol. Phyl. and Evol., 16(3): 317–330.
 +{{:​wiki:​clad:​literature:​phillips_2000.pdf|pdf}}\\
  
 Robinson, D. F. & L. R. Foulds. 1981. Comparison of phylogenetic trees. Mathematical Biociences Robinson, D. F. & L. R. Foulds. 1981. Comparison of phylogenetic trees. Mathematical Biociences