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cladistica [2019/02/26 16:44] fplmarques [Recursos Computacionais] |
cladistica [2023/01/26 20:37] (current) fplmarques [Aula 1] |
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===== Locais e Horários ===== | ===== Locais e Horários ===== | ||
+ | **//Aulas presenciais às quintas-feiras na Sala 5 do Bloco Didático do IB, das 14:00 as 16:00 //** | ||
- | **Aulas Teóricas & Práticas:** Sala de anatomia do Bloco Didático (IB/USP) | + | ===== Equipe 2023 ===== |
- | + | ||
- | **//Aulas às quintas-feiras, das 14:00 as 16:00 //** | + | |
- | + | ||
- | ===== Equipe 2019 ===== | + | |
==== Professor responsável ==== | ==== Professor responsável ==== | ||
**Dr. Fernando Portella de Luna Marques ** [Depto. de Zoologia] [[mailto:inferencia.filogenetica@ib.usp.br|CONTATO]] | **Dr. Fernando Portella de Luna Marques ** [Depto. de Zoologia] [[mailto:inferencia.filogenetica@ib.usp.br|CONTATO]] | ||
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====== Cronograma ====== | ====== Cronograma ====== | ||
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O aluno deverá dedicar-se ao ensaio final desta disciplina e a pesquisa sobre possíveis tópicos a serem abordados neste ensaio deve ser feito com antecedência. A redação deste ensaio possui duas etapas:\\ | O aluno deverá dedicar-se ao ensaio final desta disciplina e a pesquisa sobre possíveis tópicos a serem abordados neste ensaio deve ser feito com antecedência. A redação deste ensaio possui duas etapas:\\ | ||
- | - A primeira etapa está na redação de um resumo de sua proposta | + | - A primeira etapa está na redação de um resumo de sua proposta (**Assignment 5**). |
* Consulte o guia para o ensaio final. {{:wiki:clad:aulas:guide_to_authors_2018.pdf|PDF}} | * Consulte o guia para o ensaio final. {{:wiki:clad:aulas:guide_to_authors_2018.pdf|PDF}} | ||
- | * //Data de entrega:// Quinta-feira, dia **25/04/2019** até as 14:00 hrs (antes da Aula 8). | + | * //Data de entrega:// Quinta-feira, dia **18/05/2023** até as 14:00 hrs (antes da Aula 8). |
- | * //Formulário de submissão do Assignment 5:// [[https://goo.gl/forms/E66rOfGMUVvs1oNG3|submeter]]\\ | + | * //Formulário de submissão do Assignment 5:// [[https://forms.gle/ShTyu2yywP2euhFi9|submeter]]\\ |
- Uma vez aprovada sua proposta, você está autorizado a escrever o ensaio. | - Uma vez aprovada sua proposta, você está autorizado a escrever o ensaio. | ||
- | * //Data de entrega:// Quinta-feira, dia **27/06/2019**. | + | * //Data de entrega:// Quinta-feira, dia **13/07/2023**. |
- | * //Formulário de submissão do Ensaio Final:// [[https://goo.gl/forms/J5ma4arnk87wdf0f2|submeter]]\\ | + | * //Formulário de submissão do Ensaio Final:// [[https://forms.gle/BHhaiHR9EJ7sawQ2A|submeter]]\\ |
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- | ===== Recursos Computacionais ===== | ||
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- | Todos os aplicativos selecionados para este curso serão executados no sistema operacional Linux (MAC incluído). Os tutoriais serão efetuados nas aulas práticas e computadores estarão disponíveis aos alunos. No entanto, sugiro que tenham um computador pessoal, em casa ou durante as aulas, configurado para a execução dos exercícios. Somente o tempo alocado aos tutorias em sala de aula não será suficiente para você se tornar proficiente em todo o material apresentado durante o curso. Adicionalmente, você poderá precisar de mais tempo para completar os tutoriais ou usar os aplicativos para desenvolver as tarefas da disciplina. | ||
- | \\ | ||
- | ===== Imagem do sistema (Virtualbox) ===== | ||
- | \\ | ||
- | Uma imagem do sistema operacional Ubuntu 16.04 LTS foi critada contendo todos os programas utilizados durante o curso. Essa imagem deve ses instalada em VirtualBox ver. 6.0.4. VirtualBox pode ser instalado em qualquer plataforma (Linux, MacOS e Windows). Caso você deseje instalar essa imagem em seu computador siga os seguintes passos: | ||
- | - Instale VirtualBox em seu computador. | ||
- | * Versdão para Linux | ||
- | * Versão Para Windows | ||
- | * Versão para Mac | ||
- | - Baixe a imagem do sistema | + | ==== RECURSOS COMPUTACIONAIS ==== |
+ | == Uso de máquina Virtual == | ||
+ | A opção mais fácil para usuários de WINDOWS a IOSX (MAC) é a instalação da máquina virtual do VMWARE. Esta máquina virtual ocupará 20 Gb de espaço de disco e requer pelo menos 4 Gb de RAM disponível em seu computador. Vaso esse seja o máximo disponível de RAM em seu computador, antes de iniciar a máquina virtual reduza a demanada de RAM nas opçÕes de configuração do VMWARE. Aque está os passos para a instalação da imagem:\\ | ||
+ | |||
+ | - Faça o download e instale o [[https://www.vmware.com/products/workstation-player/workstation-player-evaluation.html|VMWare Player]]. | ||
+ | - Faça o download da {{ :wiki:clad:app:inferencia_filogenetia_xubuntu_2023.zip|maquina virtual}} ou se preferir execute o comando: | ||
+ | <code> | ||
+ | wget http://lhe.ib.usp.br/downloads/inferencia_filogenetia_xubuntu_2023.zip | ||
+ | </code> | ||
+ | - Descompacte a maquina virtual (unzip) | ||
+ | - Inicie o VMWare Player e siga as instruções gerais [[https://geek-university.com/vmware-player/move-a-virtual-machine/|deste tutorial]]. | ||
+ | - Ao abrir a máquina virtual você deverá obter a tela de inicio do Ubuntu com o usuário Alan Turing. Clique no usuário e digite a senha: turing. | ||
+ | |||
+ | == Instalação do Ubuntu 22.04 == | ||
+ | |||
+ | Caso o aluno opte por instalar o Ubuntu em sua máquina, recomendo a instalação da versão 18.04 LTS para a qual os tutoriais estão otimizados nesta disciplina.Esses são os passos a serem seguidos: | ||
+ | |||
+ | - Baixe a imagem do [[https://releases.ubuntu.com/22.04/|Ubuntu 22.04 LTS]]. | ||
+ | - Instalale Ubuntu em seu computador. Lembro que o Ubuntu pode ser instalado com a opção de dual boot, preservando o sistema operacional existente em sua máquina ([[https://opensource.com/article/18/5/dual-boot-linux|mais informações aqui]]). | ||
+ | - Após a instalação, entre no Ubuntu e baixe o {{ :wiki:clad:app:install_packages_ubuntu_22.04.zip |script de instalação}}. | ||
+ | - Unzip (descompacte) o arquivo install_packages_ubuntu_22.04.zip. | ||
+ | - Execute o script **00_install_all.sh** seguindo as últimas duas últimas linhas de comando do protocolo alternativo abaixo. | ||
+ | |||
+ | Os passos 3 a 5 podem ser executados em um terminal da seguinte forma: | ||
+ | |||
+ | <code> wget http://lhe.ib.usp.br/downloads/install_packages_ubuntu_22.04.zip | ||
+ | |||
+ | unzip install_packages_ubuntu_22.04.zip | ||
+ | |||
+ | cd install_packages_ubuntu_22.04 | ||
+ | |||
+ | chmod 765 00_install_all.sh | ||
+ | |||
+ | ./00_install_all.sh | ||
+ | </code> | ||
+ | |||
+ | **ATENÇÃO:** Durante a execução desse script será necessário inserir a senha de administração do sistema "turing" e responder alguns chamados de instalação. Desta forma acompanhe. Caso haja algum erro, fofografe a tela e remeta um email para a disciplina para que eu possa corrigir eventuais erros. | ||
+ | |||
+ | == Outras versões de Linux == | ||
+ | |||
+ | Caso o aluno opte por utilizar uma outra versão de Linux, caberá ao aluno adequar o script acima para sua versão de Linux. Adianto que alguns binários (arquivos executáveis) disponíveis no diretório **source** podem não funcionar na versão escolhida pelo aluno. | ||
===== Aulas & Tutoriais ===== | ===== Aulas & Tutoriais ===== | ||
+ | |||
+ | Todos os tutorias podem ser baixados do GitHub com o seguinte comando de linha: | ||
+ | |||
+ | <code> | ||
+ | svn checkout https://github.com/fplmarques/cladistica/trunk/tutorials/ | ||
+ | </code> | ||
==== Aula 1 ==== | ==== Aula 1 ==== | ||
- | **Tutorial 1**: Introdução ao Linux. {{:wiki:clad:tutorials:01_tutorial_2019.pdf|PDF}}\\ | + | **Tutorial 1**: Introdução ao Linux. {{:wiki:clad:tutorials:01_tutorial_2023.pdf|PDF}}\\ |
* **//Assignment 1://** Árvores filogenéticas e networks (resenha sobre os artigos de Mindell, 2013 e Morrison, 2014){{:wiki:clad:aulas:01_assignment_trees.pdf|PDF}} | * **//Assignment 1://** Árvores filogenéticas e networks (resenha sobre os artigos de Mindell, 2013 e Morrison, 2014){{:wiki:clad:aulas:01_assignment_trees.pdf|PDF}} | ||
- | * //Data de entrega:// Quinta-feira, dia **14/03/2019** até as 14:00 hrs (antes da Aula 3).\\ | + | * //Data de entrega:// Quinta-feira, dia **30/03/2023** até as 14:00 hrs (antes da Aula 3).\\ |
- | * //Formulário de submissão do Assignment 1:// [[https://goo.gl/forms/Lhbcr6TbMdt8sK1E2|submeter]]\\ | + | * //Formulário de submissão do Assignment 1:// [[https://forms.gle/CCfLx4E7haanbLEk9|submeter]]\\ |
==== Aula 2 ==== | ==== Aula 2 ==== | ||
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\\ | \\ | ||
* **//Assignment 2://** Resolução do exercício 2.4 (Tutorial 2) - Gerar topologia em FigTree e InkScape.\\ | * **//Assignment 2://** Resolução do exercício 2.4 (Tutorial 2) - Gerar topologia em FigTree e InkScape.\\ | ||
- | * //Data de entrega:// Segunda-feira, dia **11/03/2019**.\\ | + | * //Data de entrega:// Segunda-feira, dia **27/03/2023**.\\ |
- | * //Formulário de submissão do Assignment 2:// [[https://goo.gl/forms/6H68Z1b09nCo0yPu2|submeter]]\\ | + | * //Formulário de submissão do Assignment 2:// [[https://forms.gle/fKWovN8L5WPadowWA|submeter]]\\ |
==== Aula 3 ==== | ==== Aula 3 ==== | ||
Line 90: | Line 125: | ||
* **//Assignment 3://** Matrizes de dados, séries de trasformação e homologia (leitura obrigatória: Grant & Kluge, 2004; Nixon & Carpenter, 2012 e Sereno, 2007).{{:wiki:clad:aulas:03_assignment_instrucoes.pdf| PDF}}\\ | * **//Assignment 3://** Matrizes de dados, séries de trasformação e homologia (leitura obrigatória: Grant & Kluge, 2004; Nixon & Carpenter, 2012 e Sereno, 2007).{{:wiki:clad:aulas:03_assignment_instrucoes.pdf| PDF}}\\ | ||
- | * //Data de entrega:// Quinta-feira, dia **21/03/2019** até as 14:00 hrs (antes da Aula 4).\\ | + | * //Data de entrega:// Quinta-feira, dia **20/04/2023** até as 14:00 hrs (antes da Aula 4).\\ |
- | * //Formulário de submissão do Assignment 3:// [[https://goo.gl/forms/KFtDjrb8ujZFr7lN2|submeter]]\\ | + | * //Formulário de submissão do Assignment 3:// [[https://forms.gle/2G35wuoQdaSMXPCM6|submeter]]\\ |
==== Aula 4 ==== | ==== Aula 4 ==== | ||
Line 103: | Line 138: | ||
* //Arquivos associados:// Esse diretório é necessário para a execução deste assignment - {{:wiki:clad:aulas:04_trajectory_search.zip| PDF}}\\ | * //Arquivos associados:// Esse diretório é necessário para a execução deste assignment - {{:wiki:clad:aulas:04_trajectory_search.zip| PDF}}\\ | ||
- | * //Data de entrega:// Quinta-feira, dia **28/03/2019** até as 14:00 hrs (antes da Aula 5).\\ | + | * //Data de entrega:// Quinta-feira, dia **27/04/2023** até as 14:00 hrs (antes da Aula 5).\\ |
- | * //Formulário de submissão do Assignment 4:// [[https://goo.gl/forms/Q7xsVCcZNGL7QYhg1|submeter]]\\ | + | * //Formulário de submissão do Assignment 4:// [[https://forms.gle/uTuGQgBZF4Su4zgc6|submeter]]\\ |
==== Aula 5 ==== | ==== Aula 5 ==== | ||
Line 139: | Line 174: | ||
* **//Assignment 6://** Reanálise filogenética utilizando Otimização Direta.\\ | * **//Assignment 6://** Reanálise filogenética utilizando Otimização Direta.\\ | ||
- | * //Data de entrega:// Quinta-feira, dia **06/06/2019** até as 14:00 hrs (antes da Aula 13).\\ | + | * //Data de entrega:// Quinta-feira, dia **06/07/2023** até as 14:00 hrs (antes da Aula 14).\\ |
- | * //Formulário de submissão do Assignment 6:// [[https://goo.gl/forms/xG6E1HodQg7mTrtT2|submeter]]\\ | + | * //Formulário de submissão do Assignment 6:// [[https://forms.gle/SF3ncfJUkj13ZQBt9|submeter]]\\ |
==== Aula 12 ==== | ==== Aula 12 ==== | ||
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Nixon, K.C. & J.M. Carpenter. 2012. On homology. Cladistics 28: 160–169. {{:wiki:clad:literature:nixon_and_carpenter_2012.pdf|pdf}}\\ | Nixon, K.C. & J.M. Carpenter. 2012. On homology. Cladistics 28: 160–169. {{:wiki:clad:literature:nixon_and_carpenter_2012.pdf|pdf}}\\ | ||
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+ | Phillips, A. D., Janies & W. Wheeler. 2000. Multiple Sequence Alignment in Phylogenetic Analysis. Mol. Phyl. and Evol., 16(3): 317–330. | ||
+ | {{:wiki:clad:literature:phillips_2000.pdf|pdf}}\\ | ||
Robinson, D. F. & L. R. Foulds. 1981. Comparison of phylogenetic trees. Mathematical Biociences | Robinson, D. F. & L. R. Foulds. 1981. Comparison of phylogenetic trees. Mathematical Biociences |