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Fundamentar as bases teóricas e filosóficas da inferência filogenética. Abordar componentes metodológicos de nível intermediário que permitam ao aluno avaliar de maneira crítica hipóteses filogenéticas. Explorar a utilidade de hipóteses filogenéticas utilizando exemplos que transitam da medicina forense aos vários programas de pesquisa contemporâneos em Biologia Evolutiva.
Aulas Teóricas & Práticas: Sala de anatomia do Bloco Didático (IB/USP)
Aulas às quintas-feiras, das 14:00 as 16:00
Dr. Fernando Portella de Luna Marques [Depto. de Zoologia] CONTATO
A avaliação do desempenho nesta disciplina será feita com base em 6 trabalhos (assignments) e um ensaio final. O ensaio final equivalerá a 40% do conceito/nota final. Os restantes 60% serão computados pela execução dos 6 trabalhos aplicando-se pesos compatíveis com o nível de dificuldade de cada trabalho.
O aluno deverá dedicar-se ao ensaio final desta disciplina e a pesquisa sobre possíveis tópicos a serem abordados neste ensaio deve ser feito com antecedência. A redação deste ensaio possui duas etapas:
Todos os aplicativos selecionados para este curso serão executados no sistema operacional Linux (MAC incluído). Os tutoriais serão efetuados nas aulas práticas e computadores estarão disponíveis aos alunos. No entanto, sugiro que tenham um computador pessoal, em casa ou durante as aulas, configurado para a execução dos exercícios. Somente o tempo alocado aos tutorias em sala de aula não será suficiente para você se tornar proficiente em todo o material apresentado durante o curso. Adicionalmente, você poderá precisar de mais tempo para completar os tutoriais ou usar os aplicativos para desenvolver as tarefas da disciplina.
Uma imagem do sistema operacional Ubuntu 16.04 LTS foi critada contendo todos os programas utilizados durante o curso. Essa imagem deve ses instalada em VirtualBox ver. 6.0.4. VirtualBox pode ser instalado em qualquer plataforma (Linux, MacOS e Windows). Caso você deseje instalar essa imagem em seu computador siga os seguintes passos:
Caso você tenha um computador com Linux instalado, de preferência a mesma versão utilizada no curso, você podera baixar o diretório aplicativos_ver.2019. Neste diretório hã um script que instala automaticamente os pacotes (programa) utilizados durante o curso.
Execute o script como usuário (i.e., $ sh install_packages_20190225.sh) e fique atendo. Durante a execução do script será necessário confirmar algumas solicitações de instalação e inserir a senha de super usuário (root) para a instalação de algumas feramentas.
Tutorial 1: Introdução ao Linux. PDF
* Assignment 1: Árvores filogenéticas e networks (resenha sobre os artigos de Mindell, 2013 e Morrison, 2014)PDF
Tutorial 2: Manipulação de texto em Linux. DOWNLOAD
* Assignment 2: Resolução do exercício 2.4 (Tutorial 2) - Gerar topologia em FigTree e InkScape.
Aula teórica: Topologias: grafos, enumeração e espaço. PDF
Tutorial 3: Topologias: grafos, enumeração e espaço. DOWNLOAD
* Assignment 3: Matrizes de dados, séries de trasformação e homologia (leitura obrigatória: Grant & Kluge, 2004; Nixon & Carpenter, 2012 e Sereno, 2007). PDF
Aula teórica: Introdução ao TNT. PDF
Tutorial 4: Introdução ao TNT. DOWNLOAD
* Assignment 4: Buscas por tragetória. PDF
Tutorial 5: TNT - Buscas avançadas. DOWNLOAD
Tutorial 6: TNT - Tipos de caracteres e topologias de consenso. DOWNLOAD
Tutorial 7: Dados moleculares - introdução. DOWNLOAD
Tutorial 8: Dados moleculares - alinhamento. DOWNLOAD
Tutorial 9: Homologia Dinâmica. DOWNLOAD
Tutorial 10: Homologia Dinâmica: sensibilidade, comprimento de ramos e alinhamento implícito. DOWNLOAD
Tutorial 11: Homologia Dinâmica: Iterative pass, sensitivity search e dados reais. DOWNLOAD
* Assignment 6: Reanálise filogenética utilizando Otimização Direta.
Tutorial 12: Introdução à Verossimilhança. DOWNLOAD
Tutorial 13: Verossimilhança sob homologia estática e dinâmica. DOWNLOAD
Leitura para a próxima aula:
Grant, T & A. Kluge. 2008. Clade support and their adequacy. Cladistics 24: 1051–1064. pdf
Turorial 14: Índices de Suporte. DOWNLOAD
Agnarsson, I. & J. A. Miller. 2008. Is ACCTRAN better than DELTRAN? Cladistics 24: 1–7. PDF
Berlund, D. 2011. Visualization of phylogenetic tree space. Bachelor’s thesis in Mathematical
Statistics, Stockholm Universitet, Stockholm, Sweeden. Stockholm, Sweeden. PDF
Bogdanowicz, D. & K. Giaro. 2013. On a matching distance between rooted phylogenetic trees.
International Journal of Applied Mathematics and Computer Science 23: 669–684. PDF
Cobbaut, P. 2013. Linux Fundamentals. Belgium: Netsec BVBA. 920 pp.PDF
Coddington, J & N Scharff. 1994. Problems with zero-length branches. Cladistics 10: 415–423. PDF
Dias, P. H. S.; R. C. Amaro; A. M. P. T. de Carvalho-e Silva & M. T. Rodrigues. 2013. Two new species of Proceratophrys Miranda-Ribeiro, 1920 (Anura; Odontophrynidae) from the Atlantic forest, with taxonomic remarks on the genus. Zootaxa 3682: 277–304.PDF
Farris, S. 1970. Methods for computing Wagner trees. Systematic Zoology 19: 83–92. PDF
Giribet, G. 2007. Efficient tree searches with Available Algorithms. Evolutionary Bioinformatics 3:
341–356. PDF
Goloboff, P. 1999. Analyzing large data sets in reasonable times: solutions for composite optima.
Cladistics 15: 415–428. PDF
Goloboff, P.; J. S. Farris & K. Nixon. 2008. TNT a free program for phylogenetic analysis. Cladistics
24: 1–14. PDF
Grant, T & A. Kluge. 2004. Transformation series as an ideographic character concept. Cladistics 20: 23–31. pdf
Grant, T & A. Kluge. 2008. Clade support and their adequacy. Cladistics 24: 1051–1064. pdf
de Pinna, M.G.G. 1991. Concepts and tests of homology in the cladistic paradigm. Cladistics, 7: 367-394. pdf
Mindell, D.P. 2013. The tree of life: metaphor, model, and heuristic device. Systematic Biology 62(3):479–489.PDF
Morrison, D.A. 2014. Is the tree of life the best metaphor, model, or heuristic for phylogenetics? Systematic Biology 63(4):628–638.PDF
Nixon, K. C. 1999. The parsimony ratchet, a new method for rapid parsimony analysis. Cladistics 15:
407–414. PDF
Nixon, K.C. & J.M. Carpenter. 2012. On homology. Cladistics 28: 160–169. pdf
Robinson, D. F. & L. R. Foulds. 1981. Comparison of phylogenetic trees. Mathematical Biociences
53: 131–147. PDF
Sereno, P.C. 2007. Logical basis for morphological characters in phylogenetics. Cladistics 23: 565–587.PDF
Siever E.; Figgsins, S. L. R. & A. Robbins. 2009. Linux in a nutshell, 6th edition. Cambridge:
O’Reilly. 920 pp. PDF
Swofford, D. L. & W. P. Maddison. 1987. Reconstructing ancestral character states under Wagner
parsimony. Mathematical Bioscience 87: 199–229. PDF
Wagner, W. H. 1961. Problems in the classification of ferns. Recent Advances in Botany 1: 841–844. PDF