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--- cladistica [2019/02/26 16:44]
fplmarques [Recursos Computacionais]
+++ cladistica [2023/01/26 20:36]
fplmarques [Aulas & Tutoriais]
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 ===== Locais e Horários =====
+**//Aulas presenciais às quintas-feiras na Sala 5 do Bloco Didático do IB, das 14:00 as 16:00 //**
-**Aulas Teóricas & Práticas:** Sala de anatomia do Bloco Didático (IB/USP)
+===== Equipe 2023 =====
-**//Aulas às quintas-feiras, das 14:00 as 16:00 //**
-===== Equipe 2019 =====
 ==== Professor responsável ====
 **Dr. Fernando Portella de Luna Marques ** [Depto. de Zoologia] [[mailto:inferencia.filogenetica@ib.usp.br|CONTATO]]
 ====== Cronograma ======
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 O aluno deverá dedicar-se ao ensaio final desta disciplina e a pesquisa sobre possíveis tópicos a serem abordados neste ensaio deve ser feito com antecedência. A redação deste ensaio possui duas etapas:\\
-  - A primeira etapa está na redação de um resumo de sua proposta
+  - A primeira etapa está na redação de um resumo de sua proposta (**Assignment 5**).
     * Consulte o guia para o ensaio final. {{:wiki:clad:aulas:guide_to_authors_2018.pdf|PDF}}
-    * //Data de entrega:// Quinta-feira, dia **25/04/2019** até as 14:00 hrs (antes da Aula 8).
+    * //Data de entrega:// Quinta-feira, dia **18/05/2023** até as 14:00 hrs (antes da Aula 8).
-    * //Formulário de submissão do Assignment 5:// [[https://goo.gl/forms/E66rOfGMUVvs1oNG3|submeter]]\\
+    * //Formulário de submissão do Assignment 5:// [[https://forms.gle/ShTyu2yywP2euhFi9|submeter]]\\
   - Uma vez aprovada sua proposta, você está autorizado a escrever o ensaio.
-    * //Data de entrega:// Quinta-feira, dia **27/06/2019**.
+    * //Data de entrega:// Quinta-feira, dia **13/07/2023**.
-    * //Formulário de submissão do Ensaio Final:// [[https://goo.gl/forms/J5ma4arnk87wdf0f2|submeter]]\\
+    * //Formulário de submissão do Ensaio Final:// [[https://forms.gle/BHhaiHR9EJ7sawQ2A|submeter]]\\
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-===== Recursos Computacionais =====
-\\
-Todos os aplicativos selecionados para este curso serão executados no sistema operacional Linux (MAC incluído). Os tutoriais serão efetuados nas aulas práticas e computadores estarão disponíveis aos alunos. No entanto, sugiro que tenham um computador pessoal, em casa ou durante as aulas, configurado para a execução dos exercícios. Somente o tempo alocado aos tutorias em sala de aula não será suficiente para você se tornar proficiente em todo o material apresentado durante o curso. Adicionalmente, você poderá precisar de mais tempo para completar os tutoriais ou usar os aplicativos para desenvolver as tarefas da disciplina.
-\\
-===== Imagem do sistema (Virtualbox) =====
-\\
-Uma imagem do sistema operacional Ubuntu 16.04 LTS foi critada contendo todos os programas utilizados durante o curso. Essa imagem deve ses instalada em VirtualBox ver. 6.0.4. VirtualBox pode ser instalado em qualquer plataforma (Linux, MacOS e Windows). Caso você deseje instalar essa imagem em seu computador siga os seguintes passos:
- - Instale VirtualBox em seu computador.
-  * Versdão para Linux
-  * Versão Para Windows
-  * Versão para Mac
- - Baixe a imagem do sistema
+==== RECURSOS COMPUTACIONAIS ====
+== Uso de máquina Virtual ==
+A opção mais fácil para usuários de WINDOWS a IOSX (MAC) é a instalação da máquina virtual do VMWARE. Esta máquina virtual ocupará 20 Gb de espaço de disco e requer pelo menos 4 Gb de RAM disponível em seu computador. Vaso esse seja o máximo disponível de RAM em seu computador, antes de iniciar a máquina virtual reduza a demanada de RAM nas opçÕes de configuração do VMWARE. Aque está os passos para a instalação da imagem:\\
+	- Faça o download e instale o [[https://www.vmware.com/products/workstation-player/workstation-player-evaluation.html|VMWare Player]].
+	- Faça o download da {{ :wiki:clad:app:inferencia_filogenetia_xubuntu_2023.zip|maquina virtual}} ou se preferir execute o comando:
+<code>
+   wget http://lhe.ib.usp.br/downloads/inferencia_filogenetia_xubuntu_2023.zip
+</code>
+	- Descompacte a maquina virtual (unzip)
+	- Inicie o VMWare Player e siga as instruções gerais [[https://geek-university.com/vmware-player/move-a-virtual-machine/|deste tutorial]].
+	- Ao abrir a máquina virtual você deverá obter a tela de inicio do Ubuntu com o usuário Alan Turing. Clique no usuário e digite a senha: turing.
+== Instalação do Ubuntu 22.04 ==
+Caso o aluno opte por instalar o Ubuntu em sua máquina, recomendo a instalação da versão 18.04 LTS para a qual os tutoriais estão otimizados nesta disciplina.Esses são os passos a serem seguidos:
+	- Baixe a imagem do [[https://releases.ubuntu.com/22.04/|Ubuntu 22.04 LTS]].
+	- Instalale Ubuntu em seu computador. Lembro que o Ubuntu pode ser instalado com a opção de dual boot, preservando o sistema operacional existente em sua máquina ([[https://opensource.com/article/18/5/dual-boot-linux|mais informações aqui]]).
+	- Após a instalação, entre no Ubuntu e baixe o {{ :wiki:clad:app:install_packages_ubuntu_22.04.zip |script de instalação}}.
+	- Unzip (descompacte) o arquivo install_packages_ubuntu_22.04.zip.
+	- Execute o script **00_install_all.sh** seguindo as últimas duas últimas linhas de comando do protocolo alternativo abaixo.
+Os passos 3 a 5 podem ser executados em um terminal da seguinte forma:
+<code> wget http://lhe.ib.usp.br/downloads/install_packages_ubuntu_22.04.zip
+ unzip install_packages_ubuntu_22.04.zip
+ cd install_packages_ubuntu_22.04
+ chmod 765 00_install_all.sh
+ ./00_install_all.sh
+</code>
+**ATENÇÃO:** Durante a execução desse script será necessário inserir a senha de administração do sistema "turing" e responder alguns chamados de instalação. Desta forma acompanhe. Caso haja algum erro, fofografe a tela e remeta um email para a disciplina para que eu possa corrigir eventuais erros.
+== Outras versões de Linux ==
+Caso o aluno opte por utilizar uma outra versão de Linux, caberá ao aluno adequar o script acima para sua versão de Linux. Adianto que alguns binários (arquivos executáveis) disponíveis no diretório **source** podem não funcionar na versão escolhida pelo aluno.
 ===== Aulas & Tutoriais =====
+Todos os tutorias podem ser baixados do GitHub com o seguinte comando de linha:
+<code>
+   svn checkout https://github.com/fplmarques/cladistica/trunk/tutorials/
+</code>
 ==== Aula 1 ====
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  * **//Assignment 1://** Árvores filogenéticas e networks (resenha sobre os artigos de Mindell, 2013 e Morrison, 2014){{:wiki:clad:aulas:01_assignment_trees.pdf|PDF}}
-  * //Data de entrega:// Quinta-feira,  dia **14/03/2019** até as 14:00 hrs (antes da Aula 3).\\
+  * //Data de entrega:// Quinta-feira,  dia **30/03/2023** até as 14:00 hrs (antes da Aula 3).\\
-  * //Formulário de submissão do Assignment 1:// [[https://goo.gl/forms/Lhbcr6TbMdt8sK1E2|submeter]]\\
+  * //Formulário de submissão do Assignment 1:// [[https://forms.gle/CCfLx4E7haanbLEk9|submeter]]\\
 ==== Aula 2 ====
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 \\
  * **//Assignment 2://** Resolução do exercício 2.4 (Tutorial 2) - Gerar topologia em FigTree e InkScape.\\
-  * //Data de entrega:// Segunda-feira, dia **11/03/2019**.\\
+  * //Data de entrega:// Segunda-feira, dia **27/03/2023**.\\
-  * //Formulário de submissão do Assignment 2:// [[https://goo.gl/forms/6H68Z1b09nCo0yPu2|submeter]]\\
+  * //Formulário de submissão do Assignment 2:// [[https://forms.gle/fKWovN8L5WPadowWA|submeter]]\\
 ==== Aula 3 ====
@@ Line 90: / Line 125: @@
  * **//Assignment 3://** Matrizes de dados, séries de trasformação e homologia (leitura obrigatória: Grant & Kluge, 2004; Nixon & Carpenter, 2012 e Sereno, 2007).{{:wiki:clad:aulas:03_assignment_instrucoes.pdf| PDF}}\\
-  * //Data de entrega:// Quinta-feira, dia **21/03/2019** até as 14:00 hrs (antes da Aula 4).\\
+  * //Data de entrega:// Quinta-feira, dia **20/04/2023** até as 14:00 hrs (antes da Aula 4).\\
-  * //Formulário de submissão do Assignment 3:// [[https://goo.gl/forms/KFtDjrb8ujZFr7lN2|submeter]]\\
+  * //Formulário de submissão do Assignment 3:// [[https://forms.gle/2G35wuoQdaSMXPCM6|submeter]]\\
 ==== Aula 4 ====
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   * //Arquivos associados:// Esse diretório é necessário para a execução deste assignment - {{:wiki:clad:aulas:04_trajectory_search.zip| PDF}}\\
-  * //Data de entrega:// Quinta-feira, dia **28/03/2019** até as 14:00 hrs (antes da Aula 5).\\
+  * //Data de entrega:// Quinta-feira, dia **27/04/2023** até as 14:00 hrs (antes da Aula 5).\\
-  * //Formulário de submissão do Assignment 4:// [[https://goo.gl/forms/Q7xsVCcZNGL7QYhg1|submeter]]\\
+  * //Formulário de submissão do Assignment 4:// [[https://forms.gle/uTuGQgBZF4Su4zgc6|submeter]]\\
 ==== Aula 5 ====
@@ Line 139: / Line 174: @@
  * **//Assignment 6://** Reanálise filogenética utilizando Otimização Direta.\\
-  * //Data de entrega:// Quinta-feira, dia **06/06/2019** até as 14:00 hrs (antes da Aula 13).\\
+  * //Data de entrega:// Quinta-feira, dia **06/07/2023** até as 14:00 hrs (antes da Aula 14).\\
-  * //Formulário de submissão do Assignment 6:// [[https://goo.gl/forms/xG6E1HodQg7mTrtT2|submeter]]\\
+  * //Formulário de submissão do Assignment 6:// [[https://forms.gle/SF3ncfJUkj13ZQBt9|submeter]]\\
 ==== Aula 12 ====
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 Nixon, K.C. & J.M. Carpenter. 2012. On homology. Cladistics 28: 160–169. {{:wiki:clad:literature:nixon_and_carpenter_2012.pdf|pdf}}\\
+Phillips, A. D., Janies & W. Wheeler. 2000. Multiple Sequence Alignment in Phylogenetic Analysis. Mol. Phyl. and Evol., 16(3): 317–330.
+{{:wiki:clad:literature:phillips_2000.pdf|pdf}}\\
 Robinson, D. F. & L. R. Foulds. 1981. Comparison of phylogenetic trees. Mathematical Biociences

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