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cladistica [2023/01/26 17:17]
fplmarques [RECURSOS COMPUTACIONAIS]
cladistica [2023/01/26 20:37] (current)
fplmarques [Aula 1]
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 ===== Locais e Horários ===== ===== Locais e Horários =====
-**//Aulas presenciais às quintas-feiras na Sala de Anatomia ​do Bloco Didático do IB, das 14:00 as 16:00 //**+**//Aulas presenciais às quintas-feiras na Sala do Bloco Didático do IB, das 14:00 as 16:00 //**
  
-ou  +===== Equipe ​2023 =====
- +
-**//Aulas remotas via ZOOM às quintas-feiras,​ das 14:00 as 16:00 //** +
- +
-===== Equipe ​2022 =====+
  
 ==== Professor responsável ==== ==== Professor responsável ====
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 ==== RECURSOS COMPUTACIONAIS ==== ==== RECURSOS COMPUTACIONAIS ====
- 
-Devido às restrições da pandemia de COVID-19 que impedem a realização de aulas presenciais e o uso dos compuatdores institucionais para a execução desta disciplina, abaixo há algumas opções para que o aluno possa instalar os programas necessários para efetuar os tutoriais desta disciplina. 
- 
 == Uso de máquina Virtual ==  == Uso de máquina Virtual == 
-A opção mais fácil para usuários de WINDOWS a IOSX (MAC) é a instalação da máquina virtual do VMWARE. Esta máquina virtual ocupará ​Gb de espaço de disco e requer pelo menos 4 Gb de RAM disponível em seu computador. Vaso esse seja o máximo disponível de RAM em seu computador, antes de iniciar a máquina virtual reduza a demanada de RAM nas opçÕes de configuração do VMWARE. Aque está os passos para a instalação da imagem:\\+A opção mais fácil para usuários de WINDOWS a IOSX (MAC) é a instalação da máquina virtual do VMWARE. Esta máquina virtual ocupará ​20 Gb de espaço de disco e requer pelo menos 4 Gb de RAM disponível em seu computador. Vaso esse seja o máximo disponível de RAM em seu computador, antes de iniciar a máquina virtual reduza a demanada de RAM nas opçÕes de configuração do VMWARE. Aque está os passos para a instalação da imagem:\\
  
  - Faça o download e instale o [[https://​www.vmware.com/​products/​workstation-player/​workstation-player-evaluation.html|VMWare Player]].  - Faça o download e instale o [[https://​www.vmware.com/​products/​workstation-player/​workstation-player-evaluation.html|VMWare Player]].
- - Faça o download ​a [[http://​lhe.ib.usp.br/​downloads/​inferencia_filogenetica.zip| máquina virtual]].+ - Faça o download ​da {{ :​wiki:​clad:​app:​inferencia_filogenetia_xubuntu_2023.zip|maquina virtual}} ou se preferir execute o comando: 
 +<​code>​ 
 +   ​wget ​http://​lhe.ib.usp.br/​downloads/​inferencia_filogenetia_xubuntu_2023.zip 
 +</​code>​
  - Descompacte a maquina virtual (unzip)  - Descompacte a maquina virtual (unzip)
  - Inicie o VMWare Player e siga as instruções gerais [[https://​geek-university.com/​vmware-player/​move-a-virtual-machine/​|deste tutorial]].  - Inicie o VMWare Player e siga as instruções gerais [[https://​geek-university.com/​vmware-player/​move-a-virtual-machine/​|deste tutorial]].
  - Ao abrir a máquina virtual você deverá obter a tela de inicio do Ubuntu com o usuário Alan Turing. Clique no usuário e digite a senha: turing.  - Ao abrir a máquina virtual você deverá obter a tela de inicio do Ubuntu com o usuário Alan Turing. Clique no usuário e digite a senha: turing.
  
-== Instalação do Ubuntu ​18.04 == +== Instalação do Ubuntu ​22.04 == 
  
 Caso o aluno opte por instalar o Ubuntu em sua máquina, recomendo a instalação da versão 18.04 LTS para a qual os tutoriais estão otimizados nesta disciplina.Esses são os passos a serem seguidos: Caso o aluno opte por instalar o Ubuntu em sua máquina, recomendo a instalação da versão 18.04 LTS para a qual os tutoriais estão otimizados nesta disciplina.Esses são os passos a serem seguidos:
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  - Instalale Ubuntu em seu computador. Lembro que o Ubuntu pode ser instalado com a opção de dual boot, preservando o sistema operacional existente em sua máquina ([[https://​opensource.com/​article/​18/​5/​dual-boot-linux|mais informações aqui]]).  - Instalale Ubuntu em seu computador. Lembro que o Ubuntu pode ser instalado com a opção de dual boot, preservando o sistema operacional existente em sua máquina ([[https://​opensource.com/​article/​18/​5/​dual-boot-linux|mais informações aqui]]).
  - Após a instalação,​ entre no Ubuntu e baixe o {{ :​wiki:​clad:​app:​install_packages_ubuntu_22.04.zip |script de instalação}}.  - Após a instalação,​ entre no Ubuntu e baixe o {{ :​wiki:​clad:​app:​install_packages_ubuntu_22.04.zip |script de instalação}}.
- - Unzip (descompacte) o arquivo ​applications4ubuntu_18.04LTS.zip.+ - Unzip (descompacte) o arquivo ​install_packages_ubuntu_22.04.zip.
  - Execute o script **00_install_all.sh** seguindo as últimas duas últimas linhas de comando do protocolo alternativo abaixo.  - Execute o script **00_install_all.sh** seguindo as últimas duas últimas linhas de comando do protocolo alternativo abaixo.
  
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 </​code>​ </​code>​
  
-**ATENÇÃO:​** ​Durnante ​a execução desse script será necessário inserir a senha de administração do sistema "​turing"​. Desta forma acompanhe. Caso haja algum erro, tofografe ​a tela e remeta um email para a disciplina para que eu possa corrigir eventuais erros.+**ATENÇÃO:​** ​Durante ​a execução desse script será necessário inserir a senha de administração do sistema "​turing" ​e responder alguns chamados de instalação. Desta forma acompanhe. Caso haja algum erro, fofografe ​a tela e remeta um email para a disciplina para que eu possa corrigir eventuais erros.
  
 == Outras versões de Linux ==  == Outras versões de Linux == 
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 ===== Aulas & Tutoriais ===== ===== Aulas & Tutoriais =====
 +
 +Todos os tutorias podem ser baixados do GitHub com o seguinte comando de linha:
 +
 +<​code>​
 +   svn checkout https://​github.com/​fplmarques/​cladistica/​trunk/​tutorials/​
 +</​code>​
 ==== Aula 1 ==== ==== Aula 1 ====
  
-**Tutorial 1**: Introdução ao Linux. {{:​wiki:​clad:​tutorials:​01_tutorial_2019.pdf|PDF}}\\+**Tutorial 1**: Introdução ao Linux. {{:​wiki:​clad:​tutorials:​01_tutorial_2023.pdf|PDF}}\\
  
  * **//​Assignment 1://** Árvores filogenéticas e networks (resenha sobre os artigos de Mindell, 2013 e Morrison, 2014){{:​wiki:​clad:​aulas:​01_assignment_trees.pdf|PDF}}  * **//​Assignment 1://** Árvores filogenéticas e networks (resenha sobre os artigos de Mindell, 2013 e Morrison, 2014){{:​wiki:​clad:​aulas:​01_assignment_trees.pdf|PDF}}